В 2006 году  в городе Череповце было определено место для строительства храма преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких — Макаринская роща в Заречье, место массовых расстрелов жертв политических репрессий в 1920-30-х годах. Инициаторами строительства нового храма в Череповце выступили горожане, городская общественность.

В том же 2006 году был учрежден Попечительский совет строительства храма, который возглавил губернатор области Вячеслав Позгалев.

8 октября 2006 года на месте строительства нового храма во имя преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких архиепископ Вологодский Максимилиан (Лазаренко) в сослужении череповецкого духовенства освятил Поклонный крест.

В 2006 году  был учреждён Приход нового храма.

В июле и августе 2006 года в организациях и учреждениях города Череповца были установлены стационарные ящики для сбора пожертвований на строительство храма. Собранные средства поступали в распоряжение учрежденного  Прихода будущего храма преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких.