5 января 2016 г. — в преддверии Рождества Христова, работниками и прихожанами собора на прихрамовой территории под арочными сводами колокольни был сооружен необычный Рождественский вертеп. Организацией работ по строительству вертепа занимался священник иерей Сергий Бондарь, который предложил оформить вертеп не как это принято, из объёмных фигурок, а сделать центром композиции большую икону Рождества Христова.
с 6 на 7 января 2016 г. — ночную Рождественскую Литургию в Кафедральном соборе преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких возглавил епископ Череповецкий и Белозерский Флавиан.
9 февраля 2016 г. епископ Череповецкий и Белозерский Флавиан утвердил устав церковного звона для кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких. Устав предназначен для использования в кафедральном соборе преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких г. Череповца во время проведения богослужений и других отмечаемых Русской Православной Церковью событий.
Проект Устава был подготовлен руководителем череповецкой школы звонарей «Благовест» иереем Павлом Сергеевичем Крайновым и звонарем кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких Силиной Екатериной Александровной.
18 января 2016 г. — на Литургии диакон Кафедрального собора Павел Крайнов епископом Череповецким и Белозерским Флавианом рукоположен в священнический сан.
30 января 2016 г. — прихожане собора приняли участие в труднической поездке в Воскресенский Горицкий женский монастырь. Организатор поездки: Силина О.Е.
7 февраля 2016 г. — после Литургии в Кафедральном соборе преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких состоялась панихида по пострадавшим в годы гонений. Богослужение возглавил протоиерей Олег Кочубей.
9 февраля 2016 г. — епископ Череповецкий и Белозерский Флавиан издал указ №15 о возложении на себя полномочий председателя Приходского совета кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких: «В связи с духовно-нравственной значимостью кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких г. Череповца считаю необходимым возложить на себя полномочия председателя Приходского совета кафедрального собора … «.
9 февраля 2016 г. — епископ Череповецкий и Белозерский Флавиан утвердил устав церковного звона для Кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких. Устав предназначен для использования в кафедральном соборе преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких г. Череповца во время проведения богослужений и других отмечаемых Русской Православной Церковью событий. Проект Устава был подготовлен руководителем череповецкой школы звонарей «Благовест» иереем Павлом Сергеевичем Крайновым и звонарем Кафедрального собора г. Череповца Силиной Екатериной Александровной.
24 февраля 2016 г. — открыт набор в группу фотографов. Обучение проводится на базе воскресной школы. Преподаватель: Татьяна Николаевна Иванова.
26 февраля 2016 г. — в Воскресной школе Кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких состоялся вечер, посвященный памяти новомученников Российских, жизнь и подвиги которых были связаны с Череповецкой епархией.
В мероприятии приняли участие краевед Михаил Геннадьевич Мальцев, настоятель кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких протоиерей Александр Куликов, иерей Сергий Бондарь, работники и прихожане храмов города Череповца.
27 февраля 2016 г. — состоялась трудническая поездка прихожан Кафедрального собора преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких в Воскресенский Горицкий женский монастырь.
С 10 марта 2016 г. — верхний храм кафедрального собора временно закрыт на ремонтные работы, связанные с росписью стен и купола храма. Все богослужения с этого числа временно совершаются в нижнем храме.
13 марта 2016 г. — в библиотеке прихода ко Дню Православной книги открылась выставка книг, посвященная святым и святыням Вологодской области. Организатор выставки: работник прихода Силина Е.А., библиотекарь Богданчикова Н.Н.
15 марта 2016 г. — открылся набор в Школу звонарей «Благовест», действующую на базе воскресной школы прихода. Руководитель школы звонарей: иерей Павел Крайнов.
20 марта 2016 г. в воскресной школе прихода состоялось организационное собрание желающих обучаться колокольному звону в действующей при храме Школе звонарей «Благовест».
26 марта 2016 г. — состоялась трудническая поездка прихожан собора в Воскресенский Горицкий женский монастырь.
май 2016 г. — в верхнем храме начались работы по росписи, которые выполнили московские художники из стенописной артели «Радость» ориентируясь на образцы мастера Дионисия в Ферапонтовом монастыре.
8 мая 2016 г. — состоялось освящение велосипедов на парковке перед Кафедральным собором преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких.
14 мая 2016 г. — состоялась трудническая поездка молодежного объединения в честь преподобных Афанасия и Феодосия Череповецких в с. Покров Череповецкого района Абакановского благочиния Череповецкой епархии. Организаторы поездки: священник Сергий Бондарь, Силина Е.А.
14 мая 2016 г. — состоялась трудническая поездка прихожан Кафедрального собора г.Череповца в Горицкий Воскресенский женский монастырь.
29 мая 2016 г. — благотворительный сбор на нужды беременных женщин и женщин с детьми, оказавшихся в трудной жизненной ситуации.
4 июня 2016 г. — состоялась трудническая поездка прихожан Кафедрального собора г.Череповца в Горицкий Воскресенский женский монастырь.
С 19 по 21 июля 2016 г. представители действующей при кафедральном соборе г.Череповца школе звонарей «Благовест» (руководитель — иерей Павел Крайнов) в составе Марины Куликовой, Татьяны Сержантовой, Никиты Петрова и Аполлинарии Афонченко приняли участие в торжественных мероприятиях в г.Великий Устюг, посвященных дню памяти праведного Прокопия Устюжского.
28 июля 2016 г. — с колокольни собора прозвучал праздничный колокольный звон, посвященный Дню Крещения Руси. Звон осуществили звонари собора Екатерина Силина и Михаил Иванов. В звоне приняли участие настоятель собора протоиерей Александр Куликов, священник собора иерей Димитрий Громов.
25 августа 2016 г. — митрополитом Белгородским и Старооскольским Иоанном была передана приходу частица мощей святителя Иоасафа, епископа Белгородского. После благотворительного сбора святителю была написана икона, приобретен мощевик для его святых мощей.
17 сентября 2016 г. — в воскресной школе прихода состоялся благотворительный концерт «Доброта по соседству».
17 сентября 2016 г. — прихожане собора приняли участие в труднической поездке в Воскресенский Горицкий женский монастырь.
с 9 декабря 2016 г. — в соборе стали регулярно совершать ночные литургии. Богослужения совершали настоятель собора протоиерей Александр Куликов, иерей Андрей Кужелев.
с 12 декабря 2016 г. — в соборе по инициативе священника Андрея Кужелева стал регулярно совершаться молебен с акафистом о страждующих унынием.